Дело о злоупотреблении полномочиями с тяжкими последствиями (ч. 3 ст. 285 УК РФ) при создании ИСОД было возбуждено осенью 2017 года. По данным источника, близкому к следствию, в течение нескольких месяцев у следователей не было претензий к Шилову. Формально проектировкой и монтажом системы занимался крупнейший в РФ профильный НИИ автоматической аппаратуры имени академика Семенихина (НИИАА). Институт получил господряд на создание ИСОД. Его руководители стали первыми свидетелями по уголовному делу.
В ходе следствия выяснилось, что после получения госконтракта руководство НИИАА в полном объеме передало заказ ООО AT Consulting. Институт сохранил за собой только роль посредника. Таким образом следователи вышли на управляющего партнера компании AT Consulting Сергея Шилова. Его вызвали на допрос в качестве свидетеля.
По словам представителей Шилова, на допросе он признал, что был главным разработчиком, монтажником и наладчиком ИСОД. Он также рассказал о своих связях с главным обвиняемым по делу Андреем Нечаевым. Последний некоторое время состоял в штате AT Consulting.
Через несколько дней после допроса сотрудники управления «М» ФСБ РФ и следователи обыскали квартиру Шилова на Пироговской улице в Москве. После этого главу AT Consulting задержали и отправили в СИЗО. Вечером 28 февраля ГСУ СКР предъявило Шилову обвинение в пособничестве злоупотреблению должностными полномочиями (ст. 33 и ч. 3 ст. 285 УК РФ). Следствие посчитало, что Шилов якобы подстрекал Нечаева расплатиться с ним за незавершенные работы. Басманный суд Москвы 1 марта рассмотрит вопрос об аресте Шилова.
Руководство МВД поручило гендиректору НПО «Спецтехника и связь» (СТиС) Андрею Нечаеву монтаж, отладку и программное обеспечение ИСОД в конце 2012 года. От имени ведомства он должен был нанять специалистов, поставить им задачи, проверить качество выполненных работ и рассчитаться с их исполнителями.
На разработку и монтаж отдельных компонентов системы ушло около двух лет. Были созданы защищенные электронные сервисы для работников уголовного розыска, борцов с экономическими преступлениями, координации действий в Интерполе и так далее. Также были разработаны системы электронного документооборота внутри ведомства, информационно-справочного обслуживания территориальных отделов и предоставления населению госуслуг.
Осенью 2014 года был заключен госконтракт стоимостью 1,4 млрд рублей на объединение территориальных и ведомственных сетей в единую систему — ИСОД. Уже в конце декабря 2014 года спецкомиссия МВД приняла работы, и Нечаев рассчитался с генеральным подрядчиком — НИИАА.
Спустя три года было установлено, что Нечаев оплатил работы преждевременно: остались недоделанными общеполицейская база данных, подсистема для оперативников уголовного розыска «Следопыт М» и сервер закрытой связи между МВД и прокуратурой «Мост». Нечаева задержали 17 октября 2017 года на открытии выставки «Интерполитех-2017». В настоящее время он находится под арестом.
Представители Шилова утверждают, что работы по созданию ИСОД были выполнены полностью. Об этом свидетельствует тот факт, что в течение трех лет у МВД не было претензий к подрядчикам, а появились они только после возбуждения уголовного дела в конце 2017 года. Друзья главы AT Consulting считают, что его задержали, чтобы получить от него показания о коррупционной связи с Нечаевым. В деле о злоупотреблении должностными полномочиями отсутствует корыстная составляющая: по версии следствия, Нечаев подписал и оплатил незавершенный контракт, чтобы выслужиться перед начальством.
В пресс-службе AT Consulting сообщили, что компания готова сотрудничать со следствием и надеется на «объективное решение всех возникших вопросов».