В настоящее время следствие не конкретизирует ни фабулу уголовного дела, ни размер возможного ущерба. Часть работ по устройству кровли «Атлант» передавал другим субподрядчикам, в том числе ООО «Рем-Строй» и ООО «Альпремстрой». Летом 2017 года во время матча «Зенит» — «Рубин» крыша, которую закрыли в связи с дождем, дала течь.
Смольный расторг контракт со структурами «Трансстроя» еще летом 2016 года. Сейчас и власти Санкт-Петербурга, и «Трансстрой» ведут с бывшим генподрядчиком судебные разбирательства: Смольный требует от компании 3,7 млрд рублей, а «Трансстрой» — около 1 млрд рублей.
Новым генподрядчиком стадиона в августе 2016 года выбрали ОАО «Метрострой», контролируемое петербургской администрацией. «Метрострой» продолжил работы по подготовке кровли к выдвижению с «Атлантом». С этого момента работы по возведению кровли стали предметом судебных разбирательств: в октябре 2016 года «Инжтрасстрой-СПб» потребовал у «Метростроя» выплатить 166,5 млн рублей, выделенные компанией на закупку светопрозрачной пленки для крыши. Стороны пришли к мировому соглашению: «Метрострой» выплатил бывшему подрядчику 131,6 млн рублей. В феврале 2017 года «Инжтрансстрой-СПб» потребовал у «Атланта» более 13 млн рублей, в том числе 6 млн рублей неотработанного аванса. В 2018 году арбитраж частично удовлетоворил претензии «Инжтрансстрой-СПб», однако это решение обжаловал «Атлант». Параллельно ООО «Рем-Строй» и ООО «Альпремстрой» инициировали процедуру банкротства «Атланта».
В «Метрострое» сообщили, что компании не известно об уголовном деле по поводу возможного мошенничества «Атланта» при возведении кровли стадиона. Сам подрядчик не привлекался к расследованию дел в отношении компании. В пресс-службе «Метростроя» отметили, что, когда компания стала генподрядчиком стройки, работы по возведению крыши были практически выполнены.
Ранее к уголовной ответственности по делу о мошенничестве при строительстве стадиона «Санкт-Петербург» привлекался бывший вице-губернатор петербургского правительства Марат Оганесян. По версии следствия, при исполнении контракта с АО «Театрально-декорационные мастерские» на поставку видеотабло для спортивной арены было похищено более 50 млн рублей. Кроме того, бывшего чиновника обвиняют в получении взятки от подрядчика за заключение контракта на обустройство подсветки стадиона.