По версии следствия, Михаил Лягин совершил хищение на 550 млн рублей у одного из подведомственных ФСБ государственных предприятий. Обвинение утверждает, что Лягин, будучи генеральным директором компании «Инвест-Виктория», «преднамеренно не исполнил договорные обязательства по трем договорам подряда» и похитил у ФГУП «Кавказский военно-строительный отдел» более 550 млн рублей. После этого подозреваемый совершал сделки, направленные на отмывание более 390 млн рублей.
После совершения преступления Михаил Лягин скрылся от российского правосудия за рубежом и был объявлен в международный розыск. На родине ему была назначена мера пресечения виде заключения под стражу. В феврале 2016 года он был задержан в Испании, после чего Генпрокуратура направила туда запрос на его выдачу. В октябре 2016 года запрос был удовлетворен, но назначенная на июль прошлого года передача россиянина в аэропорту Мадрида не состоялась, так как его выдача была приостановлена судом Испании.