Как сообщил «Фонтанке» адвокат Виталий Черкасов, 21 февраля к Филинкову, с его слов, в следственный изолятор на Шпалерной улице впервые после ареста пришел представитель СК — замруководителя военного следственного отдела по Санкт-Петербургскому гарнизону Павел Сучков — и уведомил о начале проверки по обстоятельствам, изложенным в заявлении Филинкова.
Уголовное дело о насильственном захвате власти и вооруженном мятеже (по статье 205.4 УК «Участие в террористическом сообществе») возбуждено следственной службой УФСБ Петербурга и области 24 января 2018 года. В тот же день Филинков был задержан в Пулково. Как следует из его объяснения, беседа с лицами, больше всего напоминавшими оперативных сотрудников контрразведки, сопровождалась использованием электрошокера. Члены общественной наблюдательной комиссии Петербурга, посетившие Филинкова в СИЗО-3 ФСИН России на Шпалерной улице, зафиксировали многочисленные следы ожогов. На пытки шокером жаловался также свидетель по делу Игорь Капустин.
Военное следствие занимается преступлениями, совершенными сотрудниками ФСБ, равно как и проводит проверку по заявлениям, в которых указаны возможные преступления контрразведки. Ранее военная прокуратура Западного военного округа поступившее обращение в защиту интересов Филинкова переправила начальнику УФСБ Петербурга и Ленобласти, чтобы ведомство проверило само себя. В Следственный комитет обращение попало почти через месяц.
По версии ФСБ, Филинков, еще один арестованный Игорь Шишкин и неустановленные лица в 2016 году, разделяя анархистскую идеологию, приняли участие в петербургском структурном подразделении «Марсово поле» («Марс») террористического сообщества «Сеть» для террористической деятельности и подготовки насильственного захвата власти и вооруженного мятежа. Обвинение Филинкову и Шишкину не предъявлено. Мера пресечения избрана до 23 марта 2018 года.